วิตามินบี12 อาจมีปฏิสัมพันธ์กับยาที่หมอสั่งต่าง ๆ[2]รวมทั้ง

• ยารักษาโรคในกระเพาะประเภท H2-receptor antagonist รวมทั้งไซเมทิดีน ฟาโมทิดีน นิซาทิดีน และแรนิทิดีน ระดับกรดในกระเพาะและเอนไซม์เพพซินที่ลดลงเหตุยา อาจลดการดูดซึมวิตามินบี12 ที่ยึดอยู่กับโปรตีนในอาหาร แต่จะไม่ลดระดับการดูดซึมวิตามินเสริม เพราะว่า ต้องมีกรดในกระเพาะเพื่อจะย่อยวิตามินออกจากโปรตีนที่ยึดวิตามินเพื่อให้ดูดซึมได้ ส่วนการขาดวิตามินบี12 ในระดับที่แสดงอาการสำคัญ และภาวะเลือดจางแบบเม็ดเลือดโต (megaloblastic anemia) เพราะเหตุนี้มีโอกาสน้อย ยกเว้นถ้าใช้ยาเป็นเวลานาน (2 ปีหรือมากกว่านั้น) หรือว่ามีโภชนาการที่ไม่ดี และจะมีโอกาสสูงยิ่งขึ้นสำหรับคนที่เกิดภาวะไร้กรดเกลือ (achlorhydria) คือกระเพาะไม่หลั่งกรดเลย ซึ่งเกิดขึ้นบ่อยกว่าในคนที่ใช้กลุ่มยา proton pump inhibitor ดังนั้น ระดับวิตามินจึงควรสอดส่องในบุคคลที่ใช้ยา H2 blocker ในขนาดสูงเป็นระยะเวลานาน
• เมตฟอร์มิน อาจลดระดับกรดโฟลิกและวิตามินบี12 ในเลือด การใช้ยาในขนาดสำคัญเป็นระยะเวลานานเพิ่มความเสี่ยงการขาดวิตามินบี12 และสำหรับคนไข้ที่ขาด การมี homocysteine เกิน (hyperhomocysteinemia) เป็น "ปัจจัยเสี่ยงอิสระต่อโรคหัวใจ โดยเฉพาะในบุคคลที่มีโรคเบาหวานประเภท 2"[42] มีรายงานแม้จะน้อยของภาวะเลือดจางแบบเม็ดเลือดโต (megaloblastic anemia) สำหรับบุคคลที่ทานยา 5 ปีขึ้นไป ระดับวิตามินที่ลดลงเกิดใน 30% สำหรับบุคคลที่ทานยาเป็นประจำ[43][44] แต่ว่าการขาดวิตามินในระดับที่ปรากฏอาการมีโอกาสน้อยถ้าทานวิตามินพอ การขาดสามารถแก้ได้โดยให้วิตามินบี12 เสริมแม้จะใช้ยาต่อไป ส่วนภาวะการดูดซึมวิตามินบี12 ได้ไม่ดีเนื่องจากยา สามารถแก้ได้โดยให้แคลเซียมทานเสริม[45] ความสำคัญทางคลินิกโดยทั่วไปของยาต่อระดับวิตามินบี12 ยังเป็นเรื่องไม่ชัดเจน[46]
• ยายับยั้งการหลั่งกรด (PPIs) รวมทั้งโอมีปราโซล, lansoprazole, ราบีปราโซล, pantoprazole, และ esomeprazole คือ ระดับกรดในกระเพาะและเพพซินที่ลดลงเนื่องจาก PPIs สามารถลดการดูดซึมวิตามินบี12 ที่ยึดกับโปรตีนได้ แต่จะไม่ลดการดูดซึมวิตามินเสริม (ที่ไม่ได้ยึดกับโปรตีน) เพราะว่า กรดกระเพาะอาหารจำเป็นเพื่อย่อยวิตามินออกจากโปรตีนที่ยึดกับวิตามินเพื่อการดูดซึม ระดับวิตามินที่ลดลงอาจสามัญสำหรับ PPIs มากกว่า H2-blocker เพราะว่า PPIs มีโอกาสทำให้เกิดภาวะไร้กรดเกลือ (achlorhydria) สูงกว่า ซึ่งกรดกระเพาะอาหารไม่หลั่งออกโดยสิ้นเชิง แต่การขาดวิตามินที่มีนัยสำคัญทางคลินิกมีโอกาสน้อย นอกจากใช้ยาเป็ระยะเวลานาน (2 ปีหรือมากกว่านั้น) หรือทานวิตามินไม่พอ ดังนั้น ควรสอดส่องระดับวิตามินบี12 ในคนไข้ที่ใช้ยา PPIs ขนาดสูงเป็นระยะเวลานาน